2026年5月8日

【実務担当者】吸収合併における被合併法人の電子申告（e-Tax・eLTAX）ガイド

吸収合併が発生した際、消滅した法人（被合併法人）の最終事業年度の申告をどのように行うべきか、戸惑う担当者様は少なくありません。特に電子申告における「利用者ID」の使い分けは、国税と地方税でルールが正反対です。

本記事では、国税庁・eLTAXそれぞれの指針に基づき、実務上の注意点を整理しました。

1. 国税（法人税・消費税）は「合併法人」のIDを使用

国税（e-Tax）では、被合併法人のIDは使用しません。

• 使用するID： 合併法人（存続会社）の利用者識別番号

• 法人名の記載方法：
  「株式会社〇〇（被合併法人：株式会社△△）」のように併記します。

• 注意点（電子納税）：
  合併法人の確定申告と時期が重なる場合、システム上で「二重納付」と判定されることがあります。これを防ぐため、納付情報登録時には申告区分を「その他」として送信するのがポイントです。

国税庁HP 「法人税申告等の作成・提出についてよくある質問」「Q 吸収合併により法人が消滅しました。被合併法人の申告はどのように行えばいいですか。」

2. 地方税（法人住民税・事業税）は「被合併法人」のIDを使用

国税とは異なり、地方税（eLTAX）では消滅した側のID（及び）をそのまま使用します。

• 使用するID： 被合併法人（消滅会社）の利用者ID

• 法人名の記載方法：
  申告書・納付書の法人名には、合併法人と被合併法人の名称を併記します。

• 署名権者：
  被合併法人は既に消滅しているため、合併法人の代表者が電子署名を行います。

兵庫県HP「法人県民税・法人事業税について（Q4ご回答）」「Q. 質問合併を行った場合、合併解散する被合併法人の申告納付に関する注意点について教えてください。」